殺菌的主要對象是肉毒芽孢螺旋桿菌，此種菌能產(chǎn)生對人體造成致命傷害的毒素，其屬耐熱性厭氧菌，在121℃環(huán)境中三分將鐘將失去生物活性，在100℃環(huán)境中6個(gè)小時(shí)左右失去生物活性。當然，溫度越高，該病菌存活時(shí)間越短。經(jīng)科學(xué)檢測，在121℃時(shí)殺菌較為適宜，此時(shí)包裝物有很好的耐熱性，而且食品口感也較為良好。121℃殺菌時(shí)，食品中心F值達到4，食品中就不會(huì )檢測出肉毒芽孢螺旋桿菌，達到了商業(yè)無(wú)菌的要求。
菌鍋的作用是為罐藏食品的高溫殺菌提供環(huán)境，能在的溫度、時(shí)間和壓力下對食品進(jìn)行高溫殺菌，其必須有很好的熱分布性，即在殺菌時(shí)，容器內的任意一點(diǎn)溫度與平均溫度相差值應符合要求。如果某點(diǎn)的溫度低于平均溫度，那么該點(diǎn)就不能達到預定的殺菌F值，這個(gè)點(diǎn)附近的食品就無(wú)法達到殺菌要求。熱分布均勻是衡量殺菌鍋質(zhì)量的重要技術(shù)指標，可以通過(guò)熱分布測定儀對其進(jìn)行測定評估。
食品在高溫環(huán)境下，時(shí)間越長(cháng)口感越差，營(yíng)養流失越多，這就要求殺菌鍋內各點(diǎn)在升溫時(shí)溫度必須迅速達到一致，保持各點(diǎn)F值高度一致，這樣才能迅速結束殺菌過(guò)程。降溫也要迅速，以便使食品在盡量短的時(shí)間內脫離高溫環(huán)境，這就要求殺菌鍋的水流設計要科學(xué)合理，限度減少殺菌時(shí)間。