從生化角度來(lái)看，細菌正常生長(cháng)和繁殖的核酸和脫氧核糖核酸是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發(fā)遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌正是利用電磁場(chǎng)效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。實(shí)踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時(shí)間、產(chǎn)品品質(zhì)保持、產(chǎn)品保質(zhì)期及節能方面都有明顯的優(yōu)勢。
即食燕窩殺菌鍋采用的正是微波殺菌，一般罐頭食品廠(chǎng)對罐頭作常壓水煮加熱殺菌處理時(shí)都采用這種殺菌方式，通過(guò)引入壓縮空氣可實(shí)現反壓殺菌，如冷卻需在鍋內進(jìn)行，須用水泵打入鍋?lái)敳康膰娝埽ɑ虿捎盟h(huán)系統）。
即食燕窩殺菌鍋主要從控溫精度和熱分布均勻性上進(jìn)行選擇，若產(chǎn)品要求溫度很?chē)栏?，尤其是出口產(chǎn)品，因為要求熱分布很均勻，所以應盡量選擇電腦全自動(dòng)殺菌鍋。電腦半自動(dòng)殺菌鍋溫度控制、壓力控制與電腦全自動(dòng)相同，但是價(jià)格卻是電腦全自動(dòng)的1/3。一般要求可以選擇電氣半自動(dòng)殺菌鍋。手動(dòng)殺菌鍋殺菌難度高，控溫和控壓等都由人工完成，食品外觀(guān)很難掌握，漲罐（袋）和破碎率高。
在殺菌時(shí)，由于加熱使罐頭溫度升高，罐頭內壓力會(huì )超過(guò)罐外（在鍋內）的壓力。因此為了避免殺菌時(shí)玻璃瓶罐內增壓而跳蓋，對罐兩端面凸出必須施加反壓力，特別是對需要較高殺菌溫度的肉類(lèi)罐頭更就如此。
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